上海市资源植物功能基因组学重点实验室（Shanghai Key Laboratory of Plant Functional Genomics and Resources）于2014年9月30日筹建，依托上海辰山植物园，与上海师范大学、复旦大学共建，基于植物园丰富的植物资源，利用功能基因组学手段，开展资源植物功能基因挖掘及种质创新研究，以突破植物园传统责任、承载科研工作、打造科研高标准平台，是上海市科学技术委员会批准的以资源植物功能基因组学为研究对象的实验室。2016年12月顺利通过验收。

实验室面向国家发展战略和地方需求，以绿色产业和生态文明建设为导向，以开展重要资源植物功能基因挖掘和种质创新、全面提升我国资源植物保护及可持续开发利用的科技水平为总目标，研究方向涵盖基因组学与功能基因组学、种质创新及持续利用等方面，从贯穿与持续研究层面对资源植物共性问题展开探索，开展重要资源植物，特别是药食同源植物的功能基因挖掘和种质创新研究，在牡丹、丹参、黄芩、甘薯、石榴、蕨类、兰花等重要资源植物的研究方面取得了卓有成效的研究成果。

实验室采取科研与经济结合的新型科技创新，积极开展大上海地区多种资源与平台的整合式贯穿发展模式进行科学研究，为提升上海市在科研转化为经济方面的核心竞争力，促进食品、药品、化妆品深加等相关产业的发展，并培养多组学水平贯穿研究的高层次人才提供了一个良好的平台。