课题组长

　　郝洁，英国帝国理工大学荣誉研究员，上海交通大学附属第九人民医院兼聘高级专家，以英国伯明翰大学电子电气工程学院建院以来最高分获得电子电气工程本硕连读硕士一等荣誉学位，英国伯明翰大学生物医学信息学博士。2010年10月加入英国帝国理工大学，代谢组学创史人Jeremy Nicholson教授的研究组，从事深度学习/机器学习，生物信息学，化学计量学，多变量统计分析等在代谢组学，转录组学，单细胞组学等多组学领域的应用，以及生物大数据深度挖掘新算法和软件的研发。开发的针对NMR谱反卷积解析代谢物的自动定性定量分析软件系统BATMAN，迄今已拥有40多家欧美大学和研究机构用户。开发了多个单细胞数据个性化分析新算法，scCODE, scSTAR/Deep scSTAR, scCURE，DECEPTICON等均已公开。2015年加入上海交通大学系统生物医学研究院任副研究员。2021年加入复旦大学附属中山医院任研究员。2025年入职上海辰山植物园（中国科学院分子植物科学卓越创新中心辰山科学研究中心），植物多组学与智能解析研究组课题组长。上海市浦江人才。主持国家自然科学基金的青年基金和面上项目、上海交通大学医工交叉等项目。主要研究成果发表在Nature Protocols, Cell Reports Methods, Nature Communications, Briefings in Bioinformatics, Bioinformatics, Analytical Chemistry, Frontiers of medicine, NMR in Biomedicine等国际知名期刊，总他引超3800次。文章归入Clinical Medicine学术领域同一出版年最优秀前1%, 并被web of science标示为热点论文和高被引论文。第一发明人已授权发明专利4项，实审发明专利5项，软著1项。

研究领域

　　植物单细胞等多组学数据深度挖掘与人工智能算法开发

　　1. 植物单细胞时空组学研究

　　2. 深度学习/机器学习的植物多模态整合算法研究

　　3. 植物大模型/基础模型开发

代表论文（#第一作者，*通讯作者）

　　1.Lianchong Gao, Fulan Deng, Yujun Liu, Xutengyue Tian, Xianbin Su, Lv Gui, Henry H. Y. Tong, Yuan Ji, Huangying Le*, Xin Zou*, Jie Hao*, Deep scSTAR: Leveraging Deep Learning for the Extraction and Enhancement of Phenotype-Associated Features from Single-cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics Data, Briefings in Bioinformatic，2025 May 1;26(3):bbaf160. doi: 10.1093/bib/bbaf160

　　2.Fulan Deng, Jiawei Zou, Miaochen Wang, Yuan Ji, Lianchong Gao, Henry H. Y. Tong, Jie Chen, Wantao Chen, Lianjiang Tan, Yaoqing Chu, Xin Zou* and Jie Hao*，DECEPTICON: A Consensus-Based Strategy for RNA-seq Deconvolution Inspired by a Variation of the Anna Karenina Principle，Briefings in Bioinformatic，2025 May 3;26(3):bbaf234. doi: 10.1093/bib/bbaf234

　　3.Song K, Xu H, Shi Y, Zou X*, Da L*, Hao J*, Investigating TCR-pMHC interactions for TCRs without identified epitopes by constructing a computational pipeline. International Journal of Biological Macromolecules, 2024 Oct, 282(2):136502. doi:10.1016/j.ijbiomac.2024.136502

　　4.Xi Y, Zheng K, Zhang Y, Zou X*, Hao J*, Themis: Advancing Precision Oncology through Comprehensive Molecular Subtyping and Optimization, Briefings in Bioinformatics, 2024 May 23;25(4):bbae261. doi: 10.1093/bib/bbae261. PMID: 38833322; PMCID: PMC11149663.

　　5.Wang S, Zhao Y, Yang Z, Liu Y, Xu R, Tu R, Liu S, Zou X, Zhang L, Hao J*, Gao P*. 919 granules improve postpartum depression through the regulation of abnormal peripheral blood IL-1β. Biomedicine & Pharmacotherapy. 2024 May;174:116623. doi: 10.1016/j.biopha.2024.116623. Epub 2024 Apr 20. PMID: 38643545.

　　6.Zou X#*, Liu Y#, Wang M#, Zou J, Shi Y, Su X, Xu J, Tong T, Ji Y, Gui L*, Hao J*, scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction, Cell Reports Methods, 3:11,20 November 2023, 100643

　　7.Hao J, Liebeke M, Astle W, De Iorio M, Bundy JG, Ebbels T, 2014, Bayesian Deconvolution and Quantitation of Metabolites in Complex 1D NMR Spectra Using BATMAN, Nature Protocols, Vol:9, ISSN:1754-2189, Pages:1416-1427. 

　　8.Hao J, Zou J, Zhang J, Chen K, Wu D, Cao W, Shang G, Yang JYH, Wong-Lin K, Sun H, Zhang Z, Wang X, Chen W, Zou X. scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data. Briefings in Bioinformatics. 2023 Feb 22:bbad062. doi: 10.1093/bib/bbad062. Epub ahead of print. PMID: 36813563. 

　　9.Zou J, Deng F, Wang M, Zhang Z, Liu Z, Zhang X, Hua R, Chen K*, Zou X*, Hao J*. scCODE: an R package for data-specific differentially expressed gene detection on single-cell RNA-sequencing data. Briefings in Bioinformatics. 2022 Sep 20;23(5),1-14:bbac180. doi: 10.1093/bib/bbac180. PMID: 35598331. 

　　10.Hao J, Astle W, De Iorio M, Ebbels T, 2012, BATMAN—an R package for the automated quantification of metabolites from NMR spectra using a Bayesian Model. Bioinformatics, 28(15): 2088-90. 

　　11.Zou X, Chen K, Zou JW, Han PY, Hao J*, Han ZG*, Single-cell RNA-seq data analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 2019-nCoV infection, Frontiers of medicine, 2020, 14(2): 185‒192.

　　12.Hao J#, Cao W#, Huang J, Zou X*, Han ZG*, Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC) – a gene filtering algorithm for single-cell RNA-seq data, Bioinformatics, 2019, 35：2602-2609.

　　13.Zhang A, Zou J, Xi Y, Gao L, Deng F, Liu Y, Wu J, Tan L*, Zou X*, Hao J*, Single-cell technology for drug discovery and development. Frontiers in Drug Discovery, 2024 Oct, 4, doi: 10.3389/fddsv.2024.1459962.

　　14.Liu Y，Zou X*, Tong H, Ji Y, Tan L*, Hao J*, Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome predicting model, Star Protocols, Dec 2024, 5:103476, doi:10.1016/j.xpro.2024.103476.

　　15.Zheng K, Hai Y, Chen W, Hu X*, Zou X*, Hao J*, Integrative Multi-Omics Analysis Unveils Stemness-Associated Molecular Subtypes in Prostate Cancer and Pan-Cancer: Prognostic and Therapeutic Significance, Journal of Translational Medicine, 2023, 21, 789.

　　16.Hao J, Liebeke M, Sommer U, Viant MR，Bundy JG, Ebbels T，2016，Statistical correlations between NMR spectroscopy and direct infusion FT-ICR mass spectrometry aid annotation of unknowns in metabolomics. Analytical Chemistry，88:2583-2589. 

发明专利

　　ZL201810953635.1 一种基于核磁共振谱洛伦兹曲线数学性质的小波去噪方法,郝洁，邹欣，陈可

　　ZL201810828849.6 一种降低单细胞转录组数据中技术噪声的方法，郝洁，邹欣，韩泽广

　　ZL201810906851.0 一种独立计算具有90度相位差的洛伦兹曲线参数的方法，郝洁，邹欣，陈可

　　ZL201610906720.3，一种核磁共振谱双二倍二重峰的解析方法及装置，郝洁

　　202311069375 一种用于前列腺癌分子分型检测的试剂盒,郝洁, 邹欣，胡晓勇，郑坤

　　202410233549.9 一种肿瘤精准诊疗分子分型方法的评估平台及评估方法，郝洁，邹欣, 张意茗,奚悦,纪元,尚果果

　　2022112001457一种植物生长发育动态监控的方法，郝洁，陈可，邹欣

　　2022111661125一种植物生长基因与发育阶段和细胞类型关系判定方法，郝洁，陈可，邹欣

　　202311459109.7，一种促进番茄不定根的基因及其瞬间过表达的方法和应用，郝洁，陈可，邹欣，莫运昕，邹佳伟，贺亚曦，王卫青，丁洁

软件著作权

　　2024R11S0428133, Themis肿瘤精准诊疗分子分型方法全面评估优化工具软件，郝洁，邹欣, 张意茗,奚悦,纪元,尚果果

研究组成员

研究助理

闫旭 　博士，助理研究员 　邮箱：ianmooneyx@gmail.com

夏增强 　博士 　邮箱：xiazengqiang19@mails.ucas.ac.cn